构建首个油菜泛基因组和比较基因组生物信息平台
近日，华中农大生物信息团队陈玲玲和杨庆勇课题组与广西大学合作在植物学期刊PlantBiotechnologyJournal在线发表了题为BnPIR:BrassicanapusPan-genomeInformationResourcefor1,accessions的论文，构建了首个油菜泛基因组和比较基因组生物信息平台。
研究团队负责人介绍，参考基因组作为生命科学研究中的“标准地图”，促进了动植物重要生产和经济性状相关的变异位点鉴定、关键基因的发掘与应用等研究。然而生物体在长期进化和人工选择的作用下，同一物种各个株系在遗传和表型等层面均积累了丰富的变异，单一参考基因组往往无法很好包含物种内丰富的遗传变异信息。换言之，对于绝大部分物种而言，目前我们使用的“标准地图”存在大量“暗区”与“盲区”，为重要性状相关遗传位点和基因的挖掘与利用设置了诸多障碍。为克服这些困难，科学家提出通过整合多个代表性种质资源，构建泛基因组的研究思路和策略。
据介绍，甘蓝型油菜在年前由白菜和甘蓝自然杂交形成，是非常“年轻”的多倍体植物，物种内存在丰富的遗传变异，为系统揭示这些变异，年1月，华农油菜团队与生物信息团队合作，基于PacBio、HiC、BioNano等平台组装的8个甘蓝型油菜种质基因组序列，通过比较基因组分析鉴定了大量SNP（单碱基多态性）、PAV（存在/缺失变异）等变异，并构建了大小约为1.8Gb泛基因组，包含约15万个基因。为让油菜遗传育种研究人员能快捷、方便检索和使用油菜泛基因组相关资源，研究人员进一步结合了1,份油菜基因组及重测序数据，构建了甘蓝型油菜泛基因组数据库BnPIR。
BnPIR是基于基因信息模块的综合平台，以泛基因组浏览器和多基因组共线性为核心，包含多组学数据和常见的生物信息学工具。BnPIR包含基因组序列、基因注释、系统发育关系、表达数据、PAV信息、基因分类，品种信息和常用多组学工具，并提供快速搜索和可视化集成。BnPIR提供油菜分子生物学和育种丰富资源，有助于油菜研究人员在泛基因组背景下搜索和可视化其结果，并为其他物种泛基因组分析提供有价值的模板和平台。
本研究由华中农大和广西大学合作完成，广西大学预聘副教授宋佳明和华农博士生刘东旭为论文共同第一作者，陈玲玲教授和杨庆勇副教授为共同通讯作者。
发现选择性识别端粒末端多聚G-四链体的抗肿瘤药物
近日，国际学术期刊NucleicAcidsResearch以“BMPQ-1bindsselectivelyto(3+1)hybridtopologiesinhumantelomericG-quadruplexmultimers”为题在线发表了华中农大动物科学技术学院、动物医学院位灯国教授团队的最新研究成果。团队基于端粒末端特殊的多聚G-四链体结构，设计、筛选得到选择性识别（3+1）杂合多聚G-四链体的抗肿瘤化合物BMPQ-1。
G-四链体是由鸟嘌呤富集序列折叠成的特殊核酸结构，该结构在基因组中的形成和解旋影响基因复制、转录、翻译或重组等过程。作用于G-四链体的小分子显示很强的抗肿瘤活性，但这些小分子对不同基因上的G-四链体缺乏选择性，不利于选择性地调控特定基因的表达。人类端粒末端可形成复杂的多聚G-四链体结构，与这个结构特异性识别的小分子可阻碍端粒酶对端粒保护，从而抑制肿瘤细胞的永生。
团队采用荧光共振能量转移（FRET）分析、圆二色谱（CD）熔融以及荧光光谱扫描等方法，鉴定出特异性识别二聚G-四链体TTA45的化合物BMPQ-1。BMPQ-1可有效抑制小鼠体内肿瘤的生长，不影响小鼠体重。免疫荧光分析表明，BMPQ-1可诱导端粒末端G-四链体的形成并引起端粒DNA损伤反应。单分子荧光共振能量转移（smFRET）和CD光谱研究表明，BMPQ-1通过改变TTA45在溶液中的构象系综，进而实现对其选择性识别。该工作为靶向G-四链体的抗肿瘤药物研究奠定了基础。
植物科学技术学院博士研究生高超、生命科学技术学院刘主教授和理学院硕士研究生侯海涛为论文的第一作者，动物科学技术学院、动物医学院位灯国教授、理学院徐胜臻副教授和伦敦大学学院药学院ShozebHaider教授为通讯作者。
在精准传递系统研究方面取得新进展
近日，华中农大动物科学技术学院、动物医学院兽药制剂团队在CarbohydratePolymers国际期刊发表了题为“Compositeinclusion
